یوگا به طور کامل دستگاه فلسفی «سامکهیَه» را پذیرفته است. یکی از مکاتب فلسفی بسیار کهن هندی که توسط کاپیلا تدوین شد و اولین اثر آن سامکهیَه¬سوترَه نام دارد (ساتیشچاندرا، ص487). این مکتب یک نظام فلسفی غیرخداگراست که آفرینش را ازلی میداند. مبنای سامکهیَه این است که تا هستی بوده، ماده، جهان مادی و پدیدههای آن هم وجود داشتهاند. یوگا با پذیرش سامکهیَه، تنها یک عنصر «ایشوَرَه» که معمولا خدا ترجمه میشود، بر آن افزوده است. اما این که به راستی با پذیرش کامل مبانی یک مکتب غیرخداگرا، میتوان خداگرا شد، یا با افزودن یک عنصر به عنوان آگاهی برتر میتوان یک مکتب بیخدا را، با خدا کرد؛ این موضوع جای بحث مفصل دارد و در ادامه، هنگام بررسی مبانی الهیاتی یوگا کمی به آن میپردازیم.
سامکهیَه و یوگا هر دو همانند سایر مکاتب فلسفی هند در جستجوی رهایی از رنج هستند (چاتِرجی، ص98). به همین منظور در سامکهیَه علت و غایت جهان، ماده اولیه یا «پرَکریتی» تعریف شده و اصل و اساس جهان ماده دانسته شده است. ماده اولیه را سه عنصر بنیادین تشکیل میدهد، که به اصطلاح سه «گونَه» نامیده میشوند: سه ¬گونَه¬ی سازنده ماده اولیه جهان عبارتند از: «سَتوَه» به معنی لذت، «رَجَس» به معنی رنج و« تَمَس» به معنی بیتفاوتی (چاتِرجی، ص 498). بنابراین همیشه لذت با رنج یا بیتفاوتی همراه و آمیخته است: رَجَس یا رنج، علت تمام فعالیت¬ها و نیروبخش است (راداکریشنان، ص247).
در کنار ماده اولیه، نفس یا «پوروشَه» حضور دارد. بنابراین سانکهیه یک مکتب ثنوی و دوگانهگراست. پویش جهان از هنگامی آغاز می¬شود که ماده با نفس میآمیزد. ترکیب ماده و روح، نقطه مرکزی فلسفه سامکهیَه است. در اثر ترکیب این دو، یک ساختار بیست¬و¬پنجگانه پدید میآید که به انسان و جهان شکل میدهد.
به علت وجود گونَه¬های سه¬گانه در ماده، تا زمانی که انسان وجود خود را با جسم مادی برابر میداند، از اسارت در رنج و لذت و بیتفاوتی رها نمیشود. اگر انسان بفهمد که نفس او غیر از تن اوست، با این آگاهی میتواند روح را از ماده جدا کند و به رهایی از گرداب رنج و لذت برسد. بنابراین کلید نجات بشر از منظر سامکهیَه، درک روح یا نفس به عنوان حقیقتی اصیل و جدا از ماده است.
مکتب سامکهیَه با آگاهی بخشیدن میکوشد انسان را از تمایز نفس و بدن آگاه کند و اسباب رهایی او را فراهم سازد؛ اما مکتب یوگا میکوشد تا با راه¬کارها و برنامههای عملی، زمینهی این رهایی را فراهم سازد. همچنین یوگا در تلاش است که طومار گونَه¬ها را در¬هم بپیچد و بشر را از بند رنج نجات دهد. ریشه رنج، در ماده و تن مادی است و البته ذهن و آگاهی نیز، صورتهای دیگری از ماده هستند.
سامکهیَه ذهن و خودآگاه انسان را نیز جنبهی ظریفی از ماده تلقی میکند (چاتِرجی، ص494). یوگا نیز این پندار را میپذیرد (ساتیاناندا، ص43)؛ و به همین خاطر بر توقف همهی اشکال ذهن و خودآگاهی تأکید میکند. چون ذهن هم سطحی از ماده است، رهایی و نجات روح از ماده و پایان دادن به رنج، در گرو رهایی از همهی ابعاد مادی است، که شامل ذهن و خودآگاه هم میشود. بدون توقف خودآگاهی و تبدّل آگاهی فردی به آگاهی دیگر، گونه¬ها که منشأ رنج هستند، بیاثر نمیشوند: بلندمرتبهترین حالت و دانش حقیقی آگاهی مطلق، رهایی از سه ¬گونَه¬هاست (یوگاسوترَه، فصل1: بند16). در واقع پندار سامکهیَه و یوگا این است که آگاهی برتر یا شعور کیهانی، روح نیامیخته با ماده است که در رهایی به سر میبرد؛ هم از این رو آن را آتمَن مینامند.
برچیده شدن سه¬ گونَه، در یوگاسوترَه با عنوان «کایوَلیَه» نامیده شده است. کایوَلیَه زمانی اتفاق میافتد که ذهن هیچ تصوری نداشته باشد و کاملا در آگاهی برتر محو شود. کایوَلیَه در واقع درهم پیچیده شدن گونَه¬ها است. زیرا که به معنای تبدیل «آگاهی فردی» به «آگاهی برتر» است (یوگاسوترَه، فصل4: بند34). کایوَلیَه در اوپَنیشَدها به معنای مکشوف شدن مرتبهای از آگاهی است (ساتیاناندا، ص406)؛ اما در یوگا به معنای رهایی کامل از گونه¬ها، به واسطهی توقف ذهن و ظهور آگاهی برتر است. ماده از رنج سرشته شده و ذهن و بدن شکلهای مختلفی از ماده هستند، اگرچه رنج گاهی به صورت لذت بروز میکند و گاه به صورت بیتفاوتی، ولی این دو نیز از رنج جدا نیستند و رنج یا رَجَس با آن دو تنیده شده است.
یوگا مدعی است که با قطع عملکرد و تأثیرگذاری ذهن، مانع از تأثیرگذاری جهان مادی بر روح انسان میشود و با تسلیم کردن جسم و روح به نیروی آگاهی برتر، به هر رنجی پایان میدهد.