یوگا به طور کامل دستگاه فلسفی «سامکهیَه»  را پذیرفته است. یکی از مکاتب فلسفی بسیار کهن هندی که توسط کاپیلا تدوین شد و اولین اثر آن سامکهیَه¬سوترَه نام دارد (ساتیشچاندرا، ص487). این مکتب یک نظام فلسفی غیرخداگراست که آفرینش را ازلی می‏داند. مبنای سامکهیَه این است که تا هستی بوده، ماده، جهان مادی و پدیده‏های آن هم وجود داشته‏اند. یوگا با پذیرش سامکهیَه، تنها یک عنصر «ایشوَرَه» که معمولا خدا ترجمه می‏شود، بر آن افزوده است. اما این که به راستی با پذیرش کامل مبانی یک مکتب غیرخداگرا، می‏توان خداگرا شد، یا با افزودن یک عنصر به عنوان آگاهی برتر می‏توان یک مکتب بی‏خدا را، با خدا کرد؛ این موضوع جای بحث مفصل دارد و در ادامه، هنگام بررسی مبانی الهیاتی یوگا کمی به آن می‏پردازیم.
 سامکهیَه و یوگا هر دو همانند سایر مکاتب فلسفی هند در جستجوی رهایی از رنج هستند (چاتِرجی، ص98). به همین منظور در سامکهیَه علت و غایت جهان، ماده اولیه یا «پرَکریتی»  تعریف شده و اصل و اساس جهان ماده دانسته شده است. ماده اولیه را سه عنصر بنیادین تشکیل می‏دهد، که به اصطلاح سه «گونَه»  نامیده می‏شوند:  سه ¬گونَه¬ی سازنده ماده اولیه جهان عبارتند از:  «سَتوَه»  به معنی لذت، «رَجَس»  به معنی رنج و« تَمَس»  به معنی بی‏تفاوتی  (چاتِرجی، ص 498). بنابراین همیشه لذت با رنج یا بی‏تفاوتی همراه و آمیخته است:  رَجَس یا رنج، علت تمام فعالیت¬ها و نیروبخش است (راداکریشنان، ص247).

در کنار ماده اولیه، نفس یا «پوروشَه»  حضور دارد. بنابراین سانکهیه یک مکتب ثنوی و دوگانه‏گراست. پویش جهان از هنگامی آغاز می¬شود که ماده با نفس می‏آمیزد. ترکیب ماده و روح، نقطه مرکزی فلسفه سامکهیَه است. در اثر ترکیب این دو، یک ساختار بیست¬و¬پنج‏گانه پدید می‏آید که به انسان و جهان شکل می‏دهد.
به علت وجود گونَه¬های سه¬گانه در ماده، تا زمانی که انسان وجود خود را با جسم مادی برابر می‏داند، از اسارت در رنج و لذت و بی‏تفاوتی رها نمی‏شود. اگر انسان بفهمد که نفس او غیر از تن اوست، با این آگاهی می‏تواند روح را از ماده جدا کند و به رهایی از گرداب رنج و لذت برسد. بنابراین کلید نجات بشر از منظر سامکهیَه، درک روح یا نفس به عنوان حقیقتی اصیل و جدا از ماده است.
مکتب سامکهیَه با آگاهی بخشیدن می‏کوشد انسان را از تمایز نفس و بدن آگاه کند و اسباب رهایی او را فراهم سازد؛ اما مکتب یوگا می‏کوشد تا با راه¬کارها و برنامه‏های عملی، زمینه‏‏ی این رهایی را فراهم سازد. همچنین یوگا در تلاش است که طومار گونَه¬ها را در¬هم بپیچد و بشر را از بند رنج نجات دهد. ریشه رنج، در ماده و تن مادی است و البته ذهن و آگاهی نیز، صورت‏های دیگری از ماده هستند.
سامکهیَه ذهن و خودآگاه انسان را نیز جنبه‏ی ظریفی از ماده تلقی می‏کند (چاتِرجی، ص494). یوگا نیز این پندار را می‏پذیرد (ساتیاناندا، ص43)؛ و به همین خاطر بر توقف همه‏ی اشکال ذهن و خودآگاهی تأکید می‏کند. چون ذهن هم سطحی از ماده است، رهایی و نجات روح از ماده و پایان دادن به رنج، در گرو رهایی از همه‏ی ابعاد مادی است، که شامل ذهن و خودآگاه هم می‏شود. بدون توقف خودآگاهی و تبدّل آگاهی فردی به آگاهی دیگر، گونه¬ها که منشأ رنج هستند، بی‏اثر نمی‏شوند:  بلندمرتبه‏ترین حالت و دانش حقیقی آگاهی مطلق، رهایی از سه ¬گونَه¬هاست (یوگاسوترَه، فصل1: بند16). در واقع پندار سامکهیَه و یوگا این است که آگاهی برتر یا شعور کیهانی، روح نیامیخته با ماده است که در رهایی به سر می‏برد؛ هم از این رو آن را آتمَن می‏نامند.
برچیده شدن سه¬ گونَه، در یوگاسوترَه با عنوان «کایوَلیَه»  نامیده شده است. کایوَلیَه زمانی اتفاق می‏افتد که ذهن هیچ تصوری نداشته باشد و کاملا در آگاهی برتر محو شود. کایوَلیَه در واقع درهم پیچیده شدن گونَه¬ها است. زیرا که به معنای تبدیل «آگاهی فردی»  به «آگاهی برتر»  است (یوگاسوترَه، فصل4: بند34). کایوَلیَه در اوپَنیشَدها به معنای مکشوف شدن مرتبه‏ای از آگاهی است (ساتیاناندا، ص406)؛ اما در یوگا به معنای رهایی کامل از گونه¬ها، به واسطه‏ی توقف ذهن و ظهور آگاهی برتر است. ماده از رنج سرشته شده و ذهن و بدن شکل‏های مختلفی از ماده هستند، اگرچه رنج گاهی به صورت لذت بروز می‏کند و گاه به صورت بی‏تفاوتی، ولی این دو نیز از رنج جدا نیستند و رنج یا رَجَس با آن دو تنیده شده است.
یوگا مدعی است که با قطع عملکرد و تأثیرگذاری ذهن، مانع از تأثیرگذاری جهان مادی بر روح انسان می‏شود و با تسلیم کردن جسم و روح به نیروی آگاهی برتر، به هر رنجی پایان می‏دهد.